Da in der aktuellen Saison aufgrund der anstehenden Regionalligareform kein Absteiger ausgespielt wurde, konnte sich die FCK-Reserve ohne Druck ausprobieren und so verwundert es kaum, dass zu Beginn der Saison fünf externe sowie sieben interne Neuzugänge zur U23 kamen. Nach einer erfolgreichen Vorbereitungsphase starteten die jungen Roten Teufel am Samstag, 06. August 2012, in die Regionalligasaison. Einer Auftaktniederlage gegen die Amateure von Borussia Dortmund folgte der Auswärtssieg bei Fortuna Düsseldorf II, wonach es die Nachwuchskicker aus den folgenden sieben Spielen gegen Fortuna Köln (1:1), 1. FSV Mainz 05 II (1:3), 1. FC Köln II (2:2), SV Elversberg (1:1), TuS Koblenz (0:0), SC Verl und Borussia M´gladbach II auf nur vier Punkte brachten.

Dabei wurde besonders im Derby gegen die U23 des 1. FSV Mainz 05 deutlich, dass die FCK-Amateure nicht aufgrund einer schwachen Leistung verloren hatten, sondern weil es an der nötigen Effektivität und Konsequenz vor dem Tor mangelte. Gegen die TuS Koblenz konnte nur wenige Wochen später immerhin ein Remis erspielt werden, wobei in der Folge erneut zwei Niederlagen gegen den SC Verl (0:3) und gegen Borussia M´Gladbach II (2:4) hingenommen werden mussten.  

Nach einem durchwachsenen Saisonbeginn konnte die Lautrer Reserve Anfang Oktober dann endlich den ersehnten zweiten Saisonsieg gegen Rot-Weiss Essen einfahren. Nach dem 3:2-Erfolg in Essen folgte eine Serie von vier Spielen ohne Niederlage, die erst beim damaligen Spitzenreiter Lotte riss, dem man sich mit 2:3 geschlagen geben musste. Mit dem folgenden Dreiern gegen Eintracht Trier (4:2), laut Alois Schwartz das beste Saisonspiel seiner Mannschaft, sowie den Remis gegen den SC Idar-Oberstein (1:1) und den heimstarken SC Wiedenbrück (3:3) wurde dieses kurze Tief aber schnell vergessen gemacht. „Wie in jeder Saison hatten wir eine hohe Fluktuation und es hat etwas gedauert, bis sich die jungen Spieler an die Liga gewöhnt haben“, kommentierte Schwartz die Leistungssteigerung zum Ende der Hinserie. Besonders lobte der U23-Coach dabei die Charakterstärke und Einsatzbereitschaft seines Teams, das sich stets lauf- und zweikampfstark präsentierte.

Entsprechend auch sein Fazit zur ersten Saisonhälfte, in der die jungen Roten 23 Punkte aus 18 Spielen holten: „Wir haben uns einen ordentlichen Tabellenplatz erarbeitet und ich bin mit der Entwicklung meiner Mannschaft sehr zufrieden. Wir könnten zwar fünf bis sechs Punkte mehr auf dem Konto haben, aber wie werden weiter daran arbeiten, professioneller zu werden und naive Fehler zu verringern.“