Darunter auch „Weltpokalsiegerbesieger“: Der damalige Tabellenletzte der Bundesliga gewann im Jahr 2002 am Millerntor mit 2:1 gegen den FC Bayern München, der kurz zuvor den Weltpokal an die Isar geholt hatte. Grund genug für die Hamburger, das Ganze in eine Marketingkampagne überzuleiten – wenig später gab es das „Weltpokalsiegerbesieger“-T-Shirt zu kaufen und fand regen Absatz.
Für den FC St. Pauli ging es danach jedoch sportlich zunächst einmal bergab. Dem Abstieg in die zweite Liga im gleichen Jahr folgte umgehend auch der Gang in die Regionalliga Nord, in die der Hamburger Stadtteilclub durchgereicht wurde. Dort schienen sich die Männer vom Kiez wahrlich zu „etablieren“, ein Aufstieg in höhere Regionen war lange Zeit nicht in Sicht. St. Pauli-Urgestein Holger Stanislawski übernahm im Jahr 2006, drei Jahre nach dem Ende seiner aktiven Karriere, zusammen mit André Trulsen das Zepter am Millerntor, holte seine Fußballlehrer-Lizenz nach und sorgte für die Wende am Kiez.
Unter „Stani“, wie der Coach bei St. Pauli kumpelhaft genannt wird, ging es wieder bergauf. Am Ende der Saison 2006/07 standen die Hansestädter als Meister der Regionalliga Nord fest und feierten die Rückkehr in den Profifußball. Und auf den Aufstieg in die Bundesliga musste man am Millerntor auch nicht allzu lange warten. In der Saison 2009/10 war es soweit: Zusammen mit dem FCK kehrte der FC St. Pauli als Tabellenzweiter ins Fußball-Oberhaus zurück, was mit einer Riesenparty auf der Reeperbahn gefeiert wurde.
Der Start in die neue Bundesligasaison verlief prinzipiell vielversprechend für die Braun-Weißen. Gleich am ersten Spieltag holten die Männer von Holger Stanislawski einen spektakulären 3:1-Auswärtssieg in Freiburg: Erst in der 83. Minute konnte Fabian Boll das 1:0 von Freiburgs Cissé ausgleichen, Sukuta-Pasu und Bartels (89./90.) sorgen quasi kurz vor dem Abpfiff für die Pauli-Siegtreffer. Das sollte beflügeln. Wenn auch in den nächsten beiden Partien knappe Niederlagen folgten: 0:1 hieß es am Ende im Heimspiel gegen Hoffenheim und auch beim Gastspiel in Köln musste man nach dem gleichen Ergebnis mit leeren Händen an die Alster zurück kehren. Dann war alles angerichtet für das große Derby, auf das die Fans acht Jahre lang warten mussten: Der FC St. Pauli empfing den HSV am 4. Spieltag am Millerntor. Fabian Boll brachte sein Team mit einem Gewaltschuss 13 Minuten vor Schluss in Führung, doch der Kroate Mladen Petric hatte etwas gegen den Derbysieg des kleinen Nachbarn und glich elf Minuten später aus, sodass es am Ende 1:1 hieß zwischen den beiden Hamburger Clubs.
In Gladbach folgte dann ein 2:1-Auswärtserfolg, und auch bei Hannover 96 konnte man die Punkte entführen (1:0), bei einer zwischenzeitlichen Heimniederlage gegen den aktuellen Spitzenreiter Borussia Dortmund (1:3). Im Heimspiel gegen den 1. FC Nürnberg behielt St. Pauli noch mit 3:2 die Oberhand, danach wurde die Punkteausbeute eher dünn: Man unterlag sowohl in Stuttgart (0:2), als auch zu Hause gegen Eintracht Frankfurt (1:3) und beim FC Schalke 04 gab es genauso wenig zu holen für die Kiezkicker (0:3) wie im Heimspiel gegen Leverkusen (0:1). Die letzten beiden Spiele der Paulianer endeten 1:1 (gegen Wolfsburg) und 0:3 (bei Werder Bremen). Zwischenzeitlich hatten sich die Hamburger deutlich vom Tabellenende distanziert und hatten auch einen brauchbaren Vorsprung auf die Roten Teufel, welcher in den letzten Partien jedoch zusammengeschmolzen ist. Der FC St. Pauli steht auf Tabellenplatz 14, zwei Ränge und drei Punkte hinter dem FCK.
Auf dem Transfermarkt waren die Norddeutschen diesmal eher sparsam unterwegs. Defensivmann Carlos Zambrano wurde von Schalke, Keeper Kessler vom Köln ausgeliehen. Moritz Volz, zuvor für Ipswich Town auf der Insel am Ball, kam ebenso ans Heiliggeistfeld wie Youngster Nils Pichinot und Fin Bartels. Als erfahrener Mann wurde Gerald Asamoah, ebenfalls von den Königsblauen, an den Kiez geholt. Verlassen haben St. Pauli Spieler wie Morike Sako (Arminia Bielefeld), Thomas Meggle und Keeper Patrik Borger.
In der letzten Zweitligasaison gab es für den FCK zwei Siege gegen die Hamburger – im Hinspiel am Millerntor trafen Martin Amedick und Adam Nemec zum 2:1-Erfolg, auf dem Betzenberg schossen Sidney Sam, Markus Steinhöfer und Srdjan Lakic die Tore. Endstand: 3:0.