Die Breisgauer erwischten in dieser Saison allerdings einen sehr guten Start und rangieren mit 12 Punkten im gesicherten Mittelfeld der Tabelle. Einer Last-Minute-Heimniederlage gegen den FC St. Pauli folgte ein Auswärtssieg in Nürnberg und Erfolge gegen den VfB Stuttgart und Eintracht Frankfurt. Geschlagen geben musste sich die Mannschaft von Robin Dutt allerdings dem FC Schalke 04 und dem VfL Wolfsburg bei einem zwischenzeitlichen Heimsieg gegen den 1. FC Köln.
Personell haben die Freiburger vor allem bei den Offensivkräften nachgebessert. Jan Rosenthal kam von Hannover 96, Maximilian Nicu von Absteiger Hertha BSC Berlin und Alain Junior Ollé Ollé von Rot-Weiß Ahlen, Zvonko Pamic wurde von Bayer Leverkusen ausgeliehen. Neben Du-Ri Cha (Celtic Glasgow) ist Mohamadou Idrissou, der sich den Mönchengladbacher Borussen anschloss, der prominenteste Abgang und man hatte an der Dreisam schon die Befürchtung, dass der gefährlichste Torschütze der Badener nicht zu ersetzen sein wird. Papiss Demba Cissé schlüpfte so in die Rolle des Sturmführers und macht den Weggang des Kameruners nahezu vergessen. Der Senegalese hat bereits sieben Treffer auf seinem Konto und führt zusammen mit dem Frankfurter Theofanis Gekas die Törjägerliste der Bundesliga an. Zudem neu sind der Japaner Kisho Yano (kam von Albirex Niigata) und der Weißrusse Anton Putsilo von Dinamo Minsk.
Im letzten Spiel im Bremer Weserstadion fehlte den Breisgauern letztlich die Effizienz. Aaron Hunts Führungstreffer konnte Julian Schuster zwar noch egalisieren, aber Hugo Almeidas 2:1 blieb dann trotz guter Möglichkeiten der Mannschaft von Robin Dutt der letzte Treffer der Partie. Großchancen vergaben vor allem Daniel Caligiuri in der Anfangs- und Yano in der Schlussphase – was viele Kritiker dazu bewegte, den SCF erneut für eine gute Leistung zu loben, jedoch auch vehement darauf hinzuweisen, dass man es erneut verpasste, Punkte mitzunehmen. Diesbezüglich gibt es bei den Freiburgern eindeutige Parallelen zum FCK, wenn auch die Süddeutschen fünf Punkte mehr auf dem Konto haben.
Seit ein paar Jahren hat man beim FCK wenn der Name SC Freiburg fällt, schon ein bisschen Respekt, galten die Breisgauer doch eine zeitlang als „Angstgegner“ der Roten Teufel. Dies sagt auch die Gesamtbilanz aus, die für die Pfälzer negativ ausfällt. Neun Siegen des FCK stehen drei Remis 13 Erfolgen der Freiburger gegenüber. Die letzte Partie im badenova-stadion am letzten Spieltag der Zweitligasaison 2008/09 entschieden die Freiburger mit 4:3 für sich. Für den SCF trafen Jonathan Jäger, Daniel Schwaab und Mo Idrissou (2), die Tore der Roten Teufel schossen Erik Jendrisek, Sidney Sam und Aimen Demai.
