Der 40-jährige Sportwissenschaftler ist seit 1999 DFB-Schiedsrichter und leitet in Karlsruhe seine 91. Zweitligapartie. Im Oberhaus fanden bereits 165 Partien unter seiner Leitung statt. Der Berliner erhielt in der Saison 2010/11 die Auszeichnung „Schiedsrichter des Jahres“. Die letzte Partie mit FCK-Beteiligung leitete Manuel Gräfe in der Saison 2011/12 beim FC Augsburg, die 2:2 endete.
An den Seitenlinien assistieren Manuel Gräfe Guido Kleve und Marcel Pelgrim. Thomas Stein ist vierter Offizieller.