Aytekin pfeift seit 2004 als DFB-Schiedsrichter und ist seit 2006 in der 2. Liga aktiv. Hier stehen bisher 34 Spiele zu Buche. In der Bundesliga hat er aktuell schon 44 Spielen als Schiedsrichter vorgestanden und ist seit Beginn des Jahres 2011 auch FIFA-Schiedsrichter.
Sein letztes Spiel mit FCK-Beteiligung pfiff er in der Vorsaison in Stuttgart (4:2).
An den Seitenlinien unterstützen ihn Christian Leicher und Thorsten Schiffner. Vierter Offizieller im Signal Iduna Park ist Thorsten Schriever.