Aytekin pfeift seit 2004 als DFB-Schiedsrichter und ist seit 2006 in der 2. Liga aktiv. Hier stehen bisher 42 Spiele zu Buche. In der Bundesliga hat er aktuell schon 65 Spielen als Schiedsrichter vorgestanden und ist seit Beginn des Jahres auch FIFA-Schiedsrichter.
Sein letztes FCK-Spiel fand in der Vorsaison daheim gegen Wolfsburg statt (0:0).
An den Seitenlinien unterstützen ihn Thorsten Schiffner und Thomas Färber. Als vierter Offizieller fungiert Arno Blos.